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目的と対象範囲
Journal of Systems Biology（JSB）は、統合オミクス、バイオインフォマティクス、定量的解析を通じて、生物システムの分子メカニズム、計算モデリング、ネットワークレベルの理解に関する研究を掲載します。
分子ネットワーク 計算モデリング オミクス統合 遺伝子制御 タンパク質相互作用
対象外とするもの：基礎的な分子レベルの知見を伴わない臨床試験、患者アウトカム、医療機器開発、臨床診断研究。
中核となる研究領域
分子ネットワークと相互作用
- 遺伝子制御ネットワークと転写制御
- タンパク質間相互作用ネットワーク
- 代謝経路解析とフラックスモデリング
- シグナル伝達カスケードと細胞シグナル伝達
- 翻訳後修飾ネットワーク
- RNA制御ネットワークとノンコーディングRNAの機能
典型的な例：ChIP-seq、RNA-seq、プロテオミクスのデータを統合した、細胞分化過程における転写因子結合動態のネットワークレベルの解析。
計算生物学・定量生物学
- 生物システムの数理モデリング
- ネットワークトポロジー解析とグラフ理論の応用
- システムダイナミクスと微分方程式モデリング
- 分子過程の確率モデリング
- 生物学的データ解析のためのアルゴリズム開発
- オミクスデータ統合における機械学習の応用
典型的な例：深層学習アーキテクチャを用いて、マルチオミクスデータセットからタンパク質複合体の形成を予測する新規アルゴリズムの開発。
オミクス技術と統合
- ゲノミクスおよび機能ゲノミクスのアプローチ
- トランスクリプトミクスと遺伝子発現プロファイリング
- プロテオミクスとタンパク質発現解析
- メタボロミクスと代謝プロファイリング
- エピゲノミクスとクロマチン状態の解析
- マルチオミクスデータの統合とシステムレベルの解釈
典型的な例：ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームのデータを統合的に解析し、細胞のストレス応答における代謝リプログラミングのマスターレギュレーターを同定する研究。
構造生物学・分子生物学
- タンパク質の構造と機能の関係
- 分子動力学シミュレーション
- 構造生物学と高分子集合体
- 計算化学と分子モデリング
- 生体分子相互作用の生物物理化学
- DNA・タンパク質相互作用とゲノム構造
典型的な例：構造生物学と生化学的アッセイで検証された、酵素制御におけるアロステリック機構を明らかにする分子動力学シミュレーション。
副次的な重点分野
合成生物学と生物工学
基本的な生物学的原理を理解するための、人工生物システム、遺伝子回路、改変分子ネットワークの設計と構築。
進化システム生物学
ネットワークの進化、適応ダイナミクス、制御システムの分子進化、生物学的ネットワークの系統解析。
バイオインフォマティクスのツールとデータベース
生物学的データのシステムレベル解析とネットワーク可視化のための計算ツール、データベース、ソフトウェアプラットフォームの開発。
微生物システム生物学
細菌、古細菌、真菌における微生物代謝、遺伝子制御、細胞ネットワークのシステムレベル解析。
生態学的ネットワークモデリング
分子的基盤を伴う、生態学的相互作用、個体群動態、生態系レベルのネットワーク解析の数理モデリング。
バイオテクノロジーへの応用
代謝工学、バイオセンサー開発、生物学的生産システムの最適化に対するシステム生物学的アプローチ。
新たな研究フロンティア
選択的に検討する分野
注：これらの分野の投稿は、システム生物学への明確な焦点と分子レベルの知見を確認するため、追加の編集審査を受けます。
分子パターン認識のための人工知能
シングルセル・システム生物学と不均一性解析
空間オミクスと組織レベルのネットワークマッピング
量子生物学と生物システムにおける量子効果
ネットワーク解析によるバイオマーカーの探索
システム薬理学と創薬標的の同定
明確に対象範囲外とする分野
対象外とする分野
臨床医学と患者ケア
基礎的な分子メカニズムを伴わない臨床試験、患者アウトカム、治療効果研究、臨床診断、医療機器の性能に関する研究。
応用医用画像
分子レベルのシステム解析と直接結び付いていない限り、医用画像技術、画像診断、臨床放射線学の研究。
工学システム（非生物系）
生物システムへの直接的な応用を伴わない電力システム工学、ロボット工学研究、一般的なデータエンジニアリング。
純粋な医薬品化学
システムレベルの生物学的ネットワーク解析を伴わない医薬品合成、製剤化、医薬品化学の研究。
記述的臨床研究
分子システムに関する知見を伴わない観察的臨床研究、疫学調査、健康アウトカム研究。
論文の種類と優先度
優先度1
Core Article Types
原著論文 システマティックレビューおよびメタアナリシス 方法とリソース 計算ツール
優先度2
通常審査
短報 データノート パースペクティブ テクニカルノート データベースおよびソフトウェアの解説
検討されることはまれ
招待制のみ
オピニオン コメンタリー 症例報告
編集基準と要件
報告ガイドライン
- 動物研究のためのARRIVE
- マイクロアレイデータにはMIAME
- qPCR実験にはMIQE
- 観察研究にはSTROBE
- システマティックレビューにはPRISMA
データの利用可能性
- 公開リポジトリへの生データの寄託
- GitHub／Zenodoで共有されたコードとアルゴリズム
- PRIDE／ProteomeXchangeに登録されたプロテオミクスデータ
- GEO／ArrayExpress／SRAに登録されたゲノミクスデータ
- MetaboLightsに登録されたメタボロミクスデータ
倫理とコンプライアンス
- ヒト試料に関するIRB／倫理委員会の承認
- 動物研究に関するIACUCの承認
- インフォームド・コンセントの文書
- バイオセーフティおよびバイオセキュリティの遵守
- 利益相反の開示
プレプリントに関する方針
- bioRxiv／arXivのプレプリントも受け付け
- 投稿時に開示が必要
- 編集上の検討には影響なし
- バージョン管理を維持
- 最終出版物へのDOIリンク
Publication Model
受付中
アクセスモデル
編集長
