システム生物学は、分子スケールのデータを、生物学的挙動を予測、説明、制御する一貫した枠組みへと統合します。JSBは以下にわたる研究を掲載します：
転写制御回路、エピジェネティック制御、クロマチン動態、エンハンサー・プロモーター相互作用、および遺伝子発現を支配するフィードバックループ。
タンパク質間相互作用のマッピング、構造生物学、翻訳後修飾、アロステリック制御、ネットワークトポロジー解析。
フラックスバランス解析、制約ベースモデリング、メタボロミクスの統合、経路の再構築、酵素反応速度論。
細胞シグナル伝達カスケード、受容体の活性化、経路間のクロストーク、時空間的なシグナル伝播、経路の摂動解析。
マルチオミクス解析（ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）、データ融合アルゴリズム、ネットワークに基づくバイオマーカーの探索。
微分方程式、確率モデリング、機械学習、ネットワーク推定、アルゴリズム開発、シミュレーションソフトウェア。
JSBは、生物システムの分子的・細胞的基盤を重視しています。本誌は臨床応用よりも基礎研究を優先し、システムレベルの理解を進めるメカニズム、経路、計算ツールに焦点を当てています。
- 学際的な協働：JSBは計算モデル研究者と実験生物学者の相乗効果を促進し、理論的予測が実証的エビデンスに裏付けられるようにしています。
- 方法論的な厳密性：専門家である査読者が、モデルの妥当性、統計的な頑健性、実験デザイン、計算による予測の生物学的な意義を評価します。
- Efficient Online Publication: Streamlined editorial workflows support thorough and timely peer review and efficient online publication upon acceptance.
- オープンアクセスによる可視性：クリエイティブ・コモンズ・ライセンス（CC BY 4.0）により発見されやすさが最大化され、教育、研究、二次的著作物での制限のない再利用が可能になります。
- 世界的な到達範囲：主要なバイオインフォマティクス、分子生物学、計算科学のデータベースに収録されており、高い被引用の可能性が確保されます。
- イノベーションの重視：ネットワーク推定、シングルセル・システム生物学、空間オミクス、AIを活用したデータ統合における最先端の手法を優先します。
- 再現性の基準：データ共有、コードの寄託、計算および実験プロトコルの透明性のある報告に関するコミュニティ標準に準拠します。
JSBは、原著論文、方法論文、ソフトウェアツール、総説、パースペクティブを受け付けています。著者は本誌の投稿規定に従って原稿を作成し、報告ガイドライン（MIQE、MINSEQE、MIAMEなど）および倫理基準を遵守してください。
投稿はオンライン投稿ポータルまたは電子メールで行うことができます。原稿には以下を含めてください：
- 目的、方法、主な知見、意義をまとめた簡潔な要旨
- 計算アルゴリズム、数理モデル、または実験手法の明確な説明
- データの利用可能性に関する記載と公開リポジトリ（GEO、PDB、GitHubなど）へのリンク
- ネットワーク構造、経路マップ、シミュレーション結果、または実験的検証を示す図
- コード、データセット、詳細な方法論を含む補足資料
JSBは、計算生物学、分子システム、バイオインフォマティクス、定量的手法の専門知識を持つ編集委員が主導する厳格な査読プロセスを採用しています。査読者は以下を評価します：
- システムレベルの問いの新規性と意義
- 数理モデルまたは計算アプローチの適切さ
- 実験データの質と完全性
- 計算解析の再現性
- ネットワークの可視化と生物学的解釈の明確さ
著者には、原稿の科学的貢献と方法論の透明性を高めることを目的とした建設的なフィードバックが提供されます。修正原稿は、査読者の推奨事項への対応を確認するため再評価されます。
