- データと許諾
- ISSN 2638-4469
- オープンアクセス · CC BY 4.0
データアーカイブと許諾
Journal of Advances in Plant Biologyが著者に求める、研究成果の基盤となるデータ、コード、植物資源の共有、研究に関わる人々の保護、および再利用する素材の許諾取得の方法。
概要
著者向けの要点です。各項目の詳細は以下に記載しています。
- データの利用可能性に関する声明
- すべての実証研究の原稿に必須です。
- 配列データ・オミクスデータ
- 適切な公的データベースに登録し、論文中にアクセッション番号を記載します。
- その他のデータ
- 永続的識別子を備えた公認リポジトリへのデポジットを推奨します。
- コード
- 解析コードおよび独自ソフトウェアは、可能な範囲で共有します。
- 植物資源
- 種子系統、コンストラクト、証拠標本は、可能な場合、公認のコレクションに寄託します。
- 転載資料
- 著作権者からの書面による許諾を、投稿時に提出します。
- 保存
- JAPBの論文は、長期保存のためPorticoにデポジットされます。
方針
01 データの利用可能性に関する記載
実証研究の原稿にはすべて、データの利用可能性に関する記載を含めなければなりません。この記載では、結果を裏付けるデータの所在、または制限がある場合にはデータにアクセスできる条件を説明します。代表的な記載例は次のとおりです:
- リポジトリにあるデータ:「本研究の結果を裏付けるデータは、[リポジトリ]の[DOIまたはアクセッション番号]で公開されています。」
- 請求に応じて提供するデータ:「本研究の結果を裏付けるデータは、合理的な請求があれば責任著者から入手できます。」
- 制限付きデータ:「データは[法的、倫理的または契約上の制限]により公開されていませんが、[記載された条件]のもとで責任著者から入手できます。」
- 論文中のデータ:「本研究で生成または解析されたすべてのデータは、本論文およびその補足ファイルに含まれています。」
02 配列データ・オミクスデータ
塩基配列はINSDCデータベース(GenBank、ENAまたはDDBJ)に、発現データはGEOまたはArrayExpressに、プロテオミクスデータはPRIDEまたはProteomeXchangeに、メタボロミクスデータはMetaboLightsに登録します。アクセッション番号は論文中に記載し、記録は遅くとも論文の掲載時までに公開します。データはFAIR原則と、データの種類に応じた最小情報標準(例:植物フェノタイピングにはMIAPPE)に従います。
03 その他のデータとリポジトリ
生画像、測定値、フェノタイピングデータセットなどのその他のデータは、引用できるよう、永続的識別子を付与する汎用または分野別のリポジトリ(例:Zenodo、Figshare、DryadまたはOpen Science Framework)に登録します。
04 コードとソフトウェア
結果の作成に使用した独自コード、統計解析スクリプトおよびソフトウェアは、可能な範囲で、例えばZenodo、GitHubまたはGitLabを通じて、バージョン番号、依存関係、および解析を再現するのに十分なドキュメントとともに共有します。
05 植物資源
種子系統は、可能な場合、公認の遺伝資源コレクションに寄託し、再現性のためにアクセッション番号を記載します。分類学研究および圃場研究の証拠標本は、採集情報とともに公認の標本館(ハーバリウム)に寄託します。分子コンストラクトは、プラスミドマップと配列確認の情報とともに、Addgeneなどの公的リポジトリに寄託します。
遺伝資源に関する研究では、該当する場合は名古屋議定書を含むアクセスと利益配分に関する規則の遵守を、必要に応じて許可番号および試料移転契約とともに報告し、保護対象種についてはCITESの遵守を報告します。
06 人とプライバシー
民族植物学的調査を含め、ヒトの研究参加者から得たデータは、参加者の同意および研究の倫理承認と整合する場合に限り共有します。著者は個人を特定できる情報を削除し、適用されるデータ保護法に従います。コミュニティから共有された知識は、その同意を得たうえで報告します。
07 既発表の素材を再利用するための許諾
他所で発表された図、表または相当量の本文を転載する原稿には、著作権者(通常は元の出版社)からの書面による許諾が必要です。著者は投稿時に許諾を提出し、キャプションに出典を記載します(例:「[引用]より許諾を得て改変」)。CC BYのもとで公開された素材は、クレジット表示が必要ですが、通常は許諾は不要です。
JAPBの論文はCC BY 4.0の下で公開されているため、著作権・ライセンスのページに記載のとおりクレジットを表示すれば、許諾を求めることなく再利用できます。
08 補足資料
拡張表、トリミングしていないゲル画像、質問票、データセット、動画などの補足ファイルを歓迎します。各ファイルには明確な名前を付け(例:「Supplementary_Table_1.xlsx」)、原稿中で簡潔に説明してください。補足資料は原稿とともに査読され、提出されたとおりに公開されます。
09 ご質問
データ共有または許諾に関するご質問は、エディトリアルオフィス([email protected])までお寄せください。
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