データアーカイブと許諾

Journal of Cancer Genetics and Biomarkers（JCGB）でがんゲノミクスとバイオマーカーのデータを責任をもって共有するための方針、ベストプラクティス、参考資料。

• 透明性： 読者が、結果を生データまたは処理済みデータ、および解析コードまでさかのぼって確認できなければなりません。
• 再利用性： データは、統合や再解析を可能にする明確なライセンス、メタデータ、形式とともに登録されるべきです。
• 尊重： 機微なデータセットには、参加者の同意、コミュニティの期待、法的枠組みに沿ったガバナンスが必要です。
• 長期性： 永続的識別子（DOI、アクセッション番号）と長期保存の保証を提供する安定したリポジトリを使用してください。

データの種類、アクセス要件、遵守すべき義務に応じてリポジトリを選択してください。

• 研究の概要（目的、デザイン、コホートの特性）
• 変数、単位、コードを説明するデータディクショナリ
• ディレクトリ、命名規則、依存関係を示すファイル構成図
• 詳細な方法または実験プロトコル（試薬、機器、ソフトウェアを含む）
• 品質管理の手順とフィルタリングの規則
• 更新や修正を記録したバージョン履歴

• コミュニティのスキーマを使用してください（マイクロアレイにはMIAME、RNA-seqにはMINSEQE、プロテオミクスにはHUPO-PSI）。
• 疾患分類には統制語彙（MeSH、HPO、ICD-10）の用語を含めてください。
• 匿名化したうえで、サンプルレベルのメタデータ（年齢、性別、民族、腫瘍の種類、病期）を提供してください。
• データ処理パイプライン、ソフトウェアのバージョン、パラメータ設定を記録してください。

JCGBは、機微な状況ではアクセス制限が必要であることを認識しつつ、オープンライセンスを推奨しています。

• アクセス制限： アクセス委員会を備えたリポジトリ（EGA、dbGaP、アクセス制限付きのSynapseプロジェクト）に登録してください。データ利用契約（DUA）を提示してください。
• 匿名化： 直接的な識別子を削除し、日付を診断日からの相対的な日数に変換し、位置情報データを集約してください。
• ゲノム主権： 先住民や社会的に周縁化されたコミュニティについては、コミュニティ固有のガバナンス、利益共有の合意、先住民データの枠組み（CARE原則）に沿ってください。
• 第三者のデータ： 元の管理者から許諾を得て、合意の条件を原稿に記載してください。

謝辞の後に、原稿内に専用のセクションを設けてください。例：

• 「全ゲノムシーケンシングデータは、European Genome-phenome Archive（EGA）にアクセッション番号EGAS00001008721で登録されています。アクセス申請は、EGAのData Access Committeeを通じて行うことができます。」
• 「本研究に関連するメタボロミクスのピークテーブルは、CC BY 4.0ライセンスのもとでMetabolomics Workbench（ST002345）に登録されています。」
• 「参加者の守秘義務契約により、匿名化された臨床データは、責任著者への請求に応じ、所属機関の審査を条件として利用可能です。」

• バージョン管理を備えた公開リポジトリでコードを公開してください。
• 原稿に対応するリリースにタグを付け、Zenodoでアーカイブして DOIを生成してください。
• セットアップ手順、依存関係、サンプルデータを記載したREADMEファイルを提供してください。
• 複雑なパイプラインには、コンテナ化（Docker、Singularity）またはワークフロー記述言語（CWL、Nextflow、WDL）を使用してください。
• 再利用の権利を明確にするため、ライセンス（MIT、Apache 2.0、GPL）を明示してください。

• リポジトリの容量制限がある場合は、大規模なデータセットを圧縮（tar.gz）し、扱いやすいサイズ（5 GB以下）に分割してください。
• 完全性を検証するため、チェックサムファイル（MD5、SHA256）を提供してください。
• 極めて大規模なデータ（ペタバイト規模の画像データ）については、JCGBと調整のうえ、クラウドベースでの共有または所属機関でのホスティングを手配してください。

• JCGBは、ジャーナルでの出版に合わせたリポジトリのエンバーゴを認めています。メタデータにエンバーゴの終了日を明記してください。
• 学会で発表する場合は、リポジトリのリンクがエンバーゴの期限を守っていることを確認し、その旨をカバーレターに記載してください。
• JCGBはプレプリント（bioRxiv、medRxiv）を支持しています。透明性のため、プレプリント公開時にデータセットをリンクしてください。

• 査読の過程で、JCGBが査読者によるデータセットまたはコードへのアクセスを求める場合があります。必要に応じて一時的な認証情報を提供してください。
• 採択後、JCGBはリポジトリへのアクセス可能性、メタデータの完全性、ライセンスを確認します。
• 検証可能なデータを提供しない場合、出版が遅れるか、不採択となる場合があります。

• 更新や訂正を行う際は、リポジトリのバージョン管理機能を使用してください。
• 正誤表や補遺を公開できるよう、重要な変更はJCGBに通知してください。
• バージョン履歴はREADMEファイルとリポジトリのメタデータに記録してください。

最終投稿の前にこのチェックリストを完了し、データアーカイブ計画がJCGBの基準と法的義務を満たしていることを確認してください：

• 同意内容との整合：参加者向け説明文書と同意書が、予定しているデータ共有のレベル（公開、制限付き、要約のみ）を明確に対象としていることを確認してください。相違がある場合は記録し、必要に応じて再同意または同意免除を得てください。
• 所属機関の承認：所属機関のデータガバナンス部門またはプライバシー委員会から、データの外部公開を承認する書簡または電子メールによる確認を取得してください。承認はプロジェクトの記録に保管し、必要な場合は原稿内で言及してください。
• データ転送契約：共同研究機関の間でDTAを締結し、許可される用途、セキュリティ上の義務、情報漏えい時の対応手順、データ保持期間を定めてください。
• セキュリティ体制：アップロード前にデータセットを暗号化し、多要素認証を必須とし、アクセス制限付きリポジトリについてはアクセスログを保持してください。クラウドでホストするデータについては、ISO 27001または同等の基準を遵守してください。
• 保持・廃棄方針：出版後に生データと処理済みデータを保持する期間を定め、保持期間終了時の安全な廃棄手順を示してください。
• コミュニティとの関わり：先住民またはコミュニティ主導の研究については、CARE原則に沿って、意見交換の場、共著に関する合意、利益配分の約束を記録してください。
• 機械可読なメタデータ：JSON、XML、CSVのメタデータファイルをリポジトリのスキーマに照らして検証してください。オントロジータグ、単位、識別子が正確で、ファイル間で一貫していることを確認してください。
• 緊急連絡先：担当者が交代した場合にも継続性を確保できるよう、リポジトリには所属機関の共通メールアドレス（例：[email protected]）を提供してください。

最終更新：2025年9月。JCGBは、変化する法的・倫理的・技術的基準に合わせるため、データポリシーを毎年見直しています。